La Universidad de Cuenca tiene su sede en la capital de la provincia del Azuay, a su vez cabecera de la región centro-sur del Ecuador.

Creada por decreto legislativo del 15 de octubre de 1867, la Universidad de Cuenca se denominó inicialmente Corporación Universitaria del Azuay. Los sectores progresistas encabezados por el primer rector de la institución, doctor Benigno Malo Valdivieso, buscaban el inicio de un nuevo orden educativo y de desarrollo de la región, libre de las ataduras del centralismo. En torno a 1887, el positivismo genera la creación de cátedras aplicadas bajo la conducción de profesores alemanes contratados con este propósito. En 1890 se organiza la Facultad de Ciencias, donde se desarrolla la enseñanza de las matemáticas puras y aplicadas, y de las ciencias físicas y naturales.

Bajo el impacto de la Revolución Liberal de 1895, la Ley de Instrucción Pública, en junio de 1897 consagra el reconocimiento de la condición propiamente universitaria de la Corporación del Azuay, que por un tiempo se llama Universidad del Azuay. Por aquella época surge un nuevo actor social, el estudiante, figura difundida en el continente por la Reforma argentina de Córdoba en 1918, y una representación estudiantil es admitida en la Universidad en octubre de 1919. Desde 1926, ahora con su nombre definitivo de Universidad de Cuenca, incorpora plenamente el principio de autonomía.

Hacia 1940, y teniendo siempre en la mira el desarrollo de la región, la Universidad crea la Escuela Superior de Minas (1935) y la Facultad de Ciencias Matemáticas y Físicas (1939) con la Escuela de Ingeniería Civil. Para apoyar la formación de profesores de enseñanza secundaria, en 1952 se funda la Facultad de Filosofía, Letras y Ciencias de la Educación. Se crea la Escuela de Química Industrial en 1953. En 1958 se funda la Escuela de Arquitectura y Urbanismo, de importancia central en el reacondicionamiento urbano de Cuenca. A comienzos de los años 60, se forma la Escuela de Ciencias Económicas. Para favorecer la incorporación de la mujer a los estudios superiores, se crea la Escuela de Enfermería y de Trabajo Social en 1968.

Ante la agitación social en que participan activamente sectores estudiantiles, el gobierno dictatorial de José María Velasco Ibarra clausura las universidades estatales en junio de 1970, una situación que se prolonga en hasta comienzos de 1971.

Luego de la reapertura de las universidades, y para apoyar el crecimiento técnico y social de la región la Universidad crea las Escuelas de Administración de Empresas (1971), Ingeniería Eléctrica (1972). Por iniciativa del Dr. Hugo Ordóñez Espinoza, con apoyo docente de las facultades de Jurisprudencia y Filosofía, se crea la Especialidad de Ciencias de la Información (1972) Sociología (1975), Tecnología Médica, Ingeniería Agronómica y Medicina Veterinaria (1979), estas últimas integradas actualmente en la Facultad de Ciencias Agropecuarias. En 1974, la Universidad había integrado en su seno a académicos y estudiantes del cono sur perseguidos por las dictaduras militares.

En la década de los 80 se forman las Escuelas de Contabilidad Superior (1981), Educación Física (1987) y Artes Visuales (1988). Paralelamente, se impulsa la institucionalización de la investigación científica con el Instituto de Investigaciones Sociales (1976). En 1980 y 1983 se crean los Institutos de Investigaciones de Ciencias Técnicas (1980) y de Ciencias de la Salud (1983). En 1996, estos organismos se integran en el Instituto de Investigaciones Científicas, hoy Dirección de Investigaciones de la Universidad de Cuenca (DIUC).

Instancias que con el transcurrir de los años han sufrido necesarias transformaciones para constituirse hoy en 12 Facultades y ofertar de 49 carreras en todas las áreas del conocimiento.

A comienzos del siglo XXI, una perspectiva de conjunto permite afirmar que la Universidad de Cuenca ha trascendido largamente el ámbito regional. Estudiantes ecuatorianos y de diversas nacionalidades se forman en sus Facultades de Ciencias Jurídicas, Ciencias Médicas, Arquitectura y Urbanismo, Ingeniería, Ciencias Químicas, Ciencias Agropecuarias, Odontología, Ciencias Económicas, Filosofía y Ciencias de la Educación, Artes,  Ciencias de la Hospitalidad y Psicología. Además de los institutos de Idiomas y Educación Física.

Cuenta con la Dirección de Postgrado que organiza las políticas académicas de cuarto nivel; la Dirección de Investigación, que impulsa el desarrollo de investigaciones en todas las áreas del conocimiento; la Dirección de Tecnologías de la Información responsable de la aplicación de tecnologías de la información en la institución, entre otras dependencias académicas y administrativas.

A fin de reforzar el cultivo de las artes, la Universidad cuenta con una Orquesta de Cámara, un Coro Polifónico, Grupos de Danza, Grupos de Teatro, entre una serie de expresiones artísticas que han nacido en las diversas facultades y que cada día fortalecen su presencia y actitud.