En las distintas sedes de la Universidad de Cuenca se desarrollan actividades de investigación en las diferentes áreas del conocimiento, así como tareas orientadas a la docencia e investigación formativa.
La Universidad cuenta con 5 campus, donde están ubicados laboratorios y espacios de investigación.
Campus Balzay
| Departamento de Recursos Hídricos y Ciencias Ambientales |
| Laboratorio de Análisis Químico de Agua y Suelo |
| Laboratorio de Ecología Acuática |
| Laboratorio de Semillas Leñosas Nativas |
| Observatorio Ecohidrológico Zhurucay |
| Observatorio Ecohidrológico Quinuas |
| Ingeniería: Micro red |
| Centro de Estudios Ambientales |
Campus Yanuncay
| Facultad de Ciencias Agropecuarias |
| Laboratorio de Botánica |
| Laboratorio de propagación in vitro de plantas |
| Laboratorio de fitopatología |
| Laboratorio de ecología Forestal y semillas |
| Laboratorio de Biología Molecular |
| Laboratorio Física de Suelos 2 |
| Laboratorio de Biología |
| Laboratorio de Química |
| Laboratorio de Bromatología |
| Laboratorio de anfiteatro |
| Laboratorio de rayos x |
| Laboratorio de biotecnología de la reproducción animal |
| Laboratorio de microbiología y calidad de leche |
| Laboratorio de Agroindustria productos lácteos |
| Laboratorio de Inmunología |
| GRANJA DE NERO Ubicada en la población de Nero a 12.5 km de Cuenca |
| GRANJA EL ROMERAL
Se encuentra ubicada en el km 10 de la vía Paute – Guachapala. |
| Laboratorio de propagación de plantas |
| GRANJA DE IRQUIS Se encuentra ubicada en el km 23 de la vía Cuenca– Girón |
| Laboratorio de Biotecnología y reproducción animal |
| |
| Facultad de Artes |
| Laboratorio de Fotografía |
| Laboratorio de Diseño |
| Laboratorio Medialab |
Campus Paraíso
| Facultad de Ciencias Médicas |
| LABORATORIOS Y ANFITEATROS DE MEDICINA |
| Anfiteatro 1 |
| Anfiteatro 2 |
| Laboratorio de Biología 1 |
| Laboratorio de Biología 2 |
| Laboratorio de Bioquímica 1 |
| Laboratorio de Bioquímica 2 |
| Laboratorio de Bioquímica 3 |
| Laboratorio de Parasitología |
| Laboratorio de Microbiología 1 |
| Laboratorio de Microbiología 2 |
| Laboratorio de Inmunología |
| Laboratorio de Fisiología 1 |
| Laboratorio de Fisiología 2 |
| Laboratorio de Farmacología |
| Laboratorio de Semiología |
| Laboratorio de Patología Clínica |
| Laboratorio de Cirugía Experimental |
| Labortarorio de Traumatología |
| Primerios Auxilios |
| Escuela de Tecnología Médica: |
| Laboratorio de Química Clínica |
| Laboratorio de Uroanálisis y Parasitología |
| Laboratorio de Nutrición |
| Laboratorio de Estimulación Temprana |
| Laboratorio de Estimulación Temprana y Antropometría |
| Laboratorio de Fonoaudiología |
| Laboratorio de Audiología |
| Laboratorio de la Voz y del Habla |
| Laboratorio de Kinesioterapia |
| Laboratorio de Electrocardiografía |
| Laboratorio de Unidad de Suministro |
| Laboratorio de Simulador |
| Laboratorio de Enfermería Básica |
| Laboratorio de Obstetricia |
| Laboratorio de Pediatría |
| Laboratorio de Clínico Quirurgico |
| Laboratorio de Biología, Microbiología y Parasitología |
| Laboratorio de Bioquímica |
Campus Central
| Facultad de Arquitectura y Urbanismo |
| Taller de Aplicaciones Constructivas y Bioclimáticas |
| Taller de Diseño y Maquetería |
| Departamento de Biociencias |
| Laboratorios del Grupo de Investigación de Plantas Medicinales: |
| Medplant - Bioterio |
| Medplant - Laboratorio de Fitoquímica |
| Medplant - Laboratorio de Microbiología |
| Medplant - Laboratorio de Microalgas |
| Medplant - Laboratorio de Peces |
| Laboratorio de Fitotoxicidad |
| Laboratorio de Biotecnología de Plantas |
| Laboratorio del Grupo de Investigación Food, Nutrition and Health |
| Facultad de Ciencias Químicas |
| Bromatología |
| Análisis de Agua |
| Análisis de Suelo |
| Microbiológico de alimentos |
| Humificación y secado |
| Físico Química y Termodinámica |
| Ambiental |
| Análisis Biológico y Genética |
| Análisis Cuantitativo |
| Análisis de Alimentos (VLIR) |
| Análisis Instrumental |
| Análisis Orgánico |
| Análisis Toxicológico |
| Botánica |
| Farmacognosia |
| Ingeniería de la Reacción |
| Ingeniería industrial |
| Máquinas y herramientas |
| Microbiología clínica |
| Química Inorgánica y General |
| Tecnología cerámica |
| Tecnología alimentos: cárnicos |
| Tecnología alimentos: conservas vegetales |
| Tecnología alimentos: lácteos |
| Tecnología farmacéutica |
| Facultad de Ingeniería |
| Laboratorios de Ingeniería Civil, Eléctrica, Sistemas, Electrónica y Telecomunicación: |
| Laboratorio de Hidráulica y Dinámica de Fluidos |
| Laboratorios de Ingeniería Sanitaria |
| Laboratorio de Geotécnia y Materiales |
| Laboratorio de Física |
| Laboratorio de Geomática |
| Laboratorio de Alta Tensión |
| Laboratorio de Máquinas eléctricas y de circuitos y electrónica |
| Interacción Humano-Máquina |
| Facultad de Economía |
| Oficina Tributaria |
| Dpto. de Espacio y Población |
| Llactalab - Grupo de Investigación en Ciudades Sustentables |
| Facultad de Filosofía |
| Laboratorio de Televisión |
| Laboratorio de Física |
| Laboratorio de Matemáticas |
| Laboratorio de Información Geográfica-SIG |
| Facultad de Psicología |
| Centro de Psicología Aplicada de Cuenca (CEPAUC) |
| Atención psicológica en las áreas: psicología educativa, clínica y social; primeros auxilios psicológicos (PAP), brigadas de intervención psicosocial BIPs); brigadas de intervención psicoeducativa (BAPs). |
Campus Centro Histórico
| Facultad de Hospitalidad |
| Laboratorio de Cocina 1 |
| Laboratorio de Cocina 2 |
| Panadería |
| Servicios de Catering - Alimentación |
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