Durante los años comprendidos entre el 2007 al 2018 se desarrolló el Programa de Cooperación  Interuniversitaria entre el Consejo de Universidades Flamencas VLIR-UOS  y la Universidad de Cuenca denominado VLIR-IUC/UCuenca, cuyo objetivo fue potenciar la investigación científica, principalmente ofreciendo el apoyo técnico y económico para la formación académica de cuarto nivel, capacitación profesional y equipamiento de laboratorios. A raíz de esta cooperación, se logró la conformación de dos grupos de investigación con líneas definidas que permiten estudiar sobre la riqueza de la biodiversidad y de las condiciones nutricionales en nuestra región: “Caracterización Farmacológica de Plantas Medicinales” y “Alimentación, Nutrición y Salud”. Un tercer grupo de investigación (“Ingeniería de Reactores, Catálisis y Tecnologías del Medio Ambiente”)  fue conformado en el año 2015 a consecuencia del Proyecto Producción de Hidrógeno a partir de la Biomasa de los Residuos de la Planta de Banano, dando lugar a la creación de un laboratorio dotado con equipos de alta tecnología, donde se llevan actividades de investigación y desarrollo tecnológico que aportan a la diversificación tanto de la matriz energética como productiva del país.

De acuerdo a la Reglamentación de la Universidad para la conformación de Departamentos y lo mencionado anteriormente, se justifica la creación de un departamento con el fin de sostener y fortalecer la investigación. Es por ello, que la consolidación de los 3 grupos de investigación: "Plantas Medicinales" , "Alimentación, Nutrición y Salud" e "Ingeniería de Reactores, Catálisis y Tecnologías del Medio Ambiente", ha  servido como plataforma de aprendizaje para diseñar investigación de calidad, formar talento humano y realizar actividades de educación y de diseminación de resultados.

El grupo “Alimentación, Nutrición y Salud” es una unidad de investigación en nutrición bien establecida con un laboratorio de análisis de alimentos y oficinas de investigación.

El grupo Plantas Medicinales centra su labor investigativa en la caracterización farmacológica de productos naturales, principalmente plantas medicinales además de cianobacterias y microalgas, con la finalidad de conocer algunas de sus propiedades; proceso que ha permitido descubrir información que aporta no solo a la comunidad científica sino también a la sociedad en general.

El grupo de Ingeniería de Reactores, Catálisis y Tecnologías del Medio Ambiente nace en el año 2015 a consecuencia del Proyecto Producción de Hidrógeno a partir de la Biomasa de los Residuos de la Planta de Banano ganador de alrededor de $ 800.000,00 dólares de los fondos SENESCYT, dando lugar a la creación de un laboratorio dotado de equipos de alta tecnología , donde se llevan actividades de investigación y desarrollo tecnológico que aportan a la diversificación tanto de la matriz energética como productiva del país.