En 1996, el personal bibliotecario junto con expertos internacionales desarrollan el proyecto de creación del Centro de Documentación Regional "Juan Bautista Vázquez", con el objetivo fundamental de convertir la biblioteca universitaria en un centro de recursos para el aprendizaje e investigación, concentrando bajo un solo sistema normalizado de organización técnica y tecnológica todos los documentos y metadatos de las bibliotecas de los tres campus universitarios.

El proyecto además contempla la fusión física en un solo edificio de la Biblioteca General, de las Bibliotecas de las Facultades de Filosofía, Jurisprudencia, Economía y Área Técnica (Química, Arquitectura e Ingeniería).

En el mes de noviembre de 2004 se cristaliza el proyecto y el Doctor Jaime Astudillo Romero, Rector de la Universidad de Cuenca inaugura el Centro de Documentación Regional "Juan Bautista Vázquez”, CDR “JBV” conformado por las bibliotecas de los tres campus.

El CDR “JBV” aproximadamente dispone de 75.000 títulos y más de 155.000 documentos en todas las áreas del conocimiento,  y un fondo de 8.600 obras patrimoniales, tesis digitales, diversas bases de datos científicas a texto completo, repositorio institucional que permite la consulta a texto completo de la producción académica universitaria –incluidas las colecciones de la revista Anales y las revistas de facultad- , un sistema de catálogos electrónicos de información referencial y el servicio personalizado de referencia para brindar servicios de alta calidad, con la calidez y solvencia del personal bibliotecario capacitado en el manejo de las nuevas tecnologías y en los servicios especializados de información que demandan la docencia e investigación universitaria.

A partir de septiembre del 2018, la Facultad de Ciencias de la Hospitalidad inicia la gestión junto con la Coordinación General de la Biblioteca, la creación de la biblioteca del campus Centro Histórico.