El Departamento de Recursos Hídricos y Ciencias Ambientales (iDRHICA) de la Universidad de Cuenca es una unidad académica interdisciplinaria que contribuye al mejoramiento de la calidad de vida de la población a través de la generación de nuevo conocimiento científico y tecnológico en torno al agua y su relación con sistemas naturales, construidos, sociales y productivos, desde una perspectiva de desarrollo sostenible.

El estudio de las interacciones y relaciones existentes entre los individuos y grupos y su entono espacial. Es decir, explorar y entender la amplia gama de posibilidades resultantes de los procesos de habitar, organizar, apropiar e interactuar sobre el espacio. Esto desde una perspectiva integral, contextualizada e interdisciplinaria para aportar a la construcción de una sociedad más equitativa y sustentable. En nombre del Departamento enfatiza la necesidad de una fuerte orientación multidisciplinaria, interdisciplinaria y transdisciplinaria, que busca la integración de diferentes líneas de investigación que componen el entramado de las interacciones entre la persona y su entorno. El Departamento, a su vez, se inscribe dentro de los objetivos del Plan del Buen vivir, buscando el mejoramiento de las capacidades y potencialidades de la población. En especial, el DIEP promueve una visión científica y humanista de la investigación y el desarrollo científico, al tiempo que trata de reforzar las capacidades para incidir en las discusiones y decisiones de política pública del Ecuador, y según sea el caso del continente.

El Departamento de Ciencias de la Computación (DCC) es una Unidad Académica, parte de la Facultad de Ingeniería, dedicada a la investigación que articula a académicos, centros de investigación y comunidades científicas. Es el órgano encargado de la organización, coordinación, asesoramiento, difusión y evaluación de programas y proyectos de investigación en el campo del conocimiento de las ciencias tecnológicas y computacionales del ámbito de la ingeniería de sistemas.

El Departamento de Ingeniería Civil (DIC) de la Universidad de Cuenca, es el espacio encargado de coordinar el desarrollo de investigación en el campo del conocimiento de las ciencias tecnológicas y ciencias de la tierra vinculadas a la Ingeniería Civil. El DIC fomenta la participación de grupos y unidades académicas, con propuestas y proyectos, en ejes programáticos y líneas de investigación que responden a los dominios académicos institucionales.

El DIC va a la par con el desarrollo de ciencia y tecnología, generando conocimiento y aportando con una práctica moderna, que permita la formulación de soluciones integrales en términos de sostenibilidad y con responsabilidad ambiental.

De acuerdo a la Reglamentación de la Universidad para la conformación de Departamentos se justifica la creación de un departamento de Biociencias, con el fin de sostener y fortalecer la investigación en esta área en la Universidad de Cuenca. La consolidación de los 3 grupos de investigación: "Plantas Medicinales" , "Alimentación, Nutrición y Salud" e "Ingeniería de Reactores, Catálisis y Tecnologías del Medio Ambiente", ha servido como plataforma de aprendizaje para diseñar investigación de calidad, formar talento humano y realizar actividades de educación y de diseminación de resultados.

El Departamento de Química Aplicada y Sistemas de Producción (dQUIMPROd) es el más joven de la Universidad de Cuenca debido a que se constituyó a finales del año 2018. La idea de su creación surgió en el 2016, en respuesta a la necesidad en la Facultad de Ciencias Químicas de integrar y complementar las actividades de investigación, desarrollo e innovación, en las áreas de producción de bienes y servicios (a nivel industrial y artesanal), ciencias químicas vinculadas al desarrollo de procesos y productos, producción y uso de recursos energéticos (especialmente aquellos relacionados con bioenergía), así como el estudio de los impactos ambientales resultantes de estas actividades a nivel local, regional y nacional.