El Laboratorio de Ecología Acuática tiene como objetivo investigar y generar conocimientos sobre la biología y la ecología de ecosistemas de agua dulce, con especial énfasis en ecosistemas lóticos y lénticos; desarrolla también proyectos de estructura y ecología de rodales en bosques altoandinos, al sur del Ecuador. Se ejecutan proyectos dentro de varias temáticas como:
- Biomonitoreo de aguas dulces.
- Mantenimiento de caudales ecológicos.
- Taxonomía de insectos de agua dulce.
- Ecología de comportamiento, poblaciones y comunidades acuáticas y su relación con ecosistemas vegetales.
Analizando características físico químicas y biológicas para calidad de agua y análisis de ecofisiología de flujos de carbono de rodales en bosques altoandinos. Actualmente, se ejecutan tres proyectos distintos:
- Caracterización limnológica de los lagos y lagunas del Parque Nacional Cajas;
- Ecología, estructura y función de los rodales de Polylepis reticulata en el Parque Nacional Cajas: Estado actual y proyección futura en el marco del cambio climático.
- Evaluación del estado ecológico y Biodiversidad de macroinvertebrados bentónicos en la cuenca alta del río Paute y Parque Nacional Cajas.