El Centro tiene como misión mejorar y generar nuevo conocimiento científico y tecnológico en torno a los procesos que rigen la generación, transporte, tratamiento y reuso de residuos y deshechos humanos e industriales y su interacción y efecto sobre el ambiente y la salud pública. Para esto cuenta con lo siguientes grupos de investigación:
- Tratamiento de Aguas Residuales
- Calidad del Agua