El Centro tiene como misión mejorar y generar nuevo conocimiento científico y tecnológico de los procesos ambientales de los ecosistemas Andinos, en especial las interrelaciones suelo – vegetación – atmósfera y su vulnerabilidad a interferencias humanas y al cambio climático. Para esto cuenta con lo siguientes grupos de investigación:
- Hidrometeorología: Pronóstico Hidrológico de Inundaciones y Sequías
- Meteorología y climatología aplicada
- Ecología acuática
- Hidrogeoquímica
Además de estos grupos se trabaja en los ejes transversales de Ecohidrología, Hidroinformática y Cambio climático.