El plan de formación doctoral se centra en el desarrollo de una investigación original e innovadora, que no haya sido publicada previamente o presentada en otro posgrado para obtener un grado académico y que el alumno desarrollará a lo largo de su permanencia en el Doctorado.
El objetivo es que el alumno realice una investigación original que responda a un reto científico, y que sea relevante y de interés en el ámbito del desarrollo (industrias o instituciones u organismos vinculados a la problemática de la disciplina). En este proceso el alumno adquirirá un conocimiento profundo y un dominio de las bases científicas y tecnológicas que sustentan su disciplina, así como un amplio conocimiento de los campos de estudio y de los avances más significativos en recursos hídricos.
El plan de formación se conforma por todas las actividades académicas que tienen que ser desarrolladas por los estudiantes. Las actividades académicas incluyen la tesis de investigación o proyecto de investigación doctoral y otras actividades complementarias como presentaciones en congresos, cursos avanzados, entre otras.
Los planes serán diseñados en forma individual para cada estudiante, de tal manera que sea factible su finalización en 4 años con dedicación a tiempo completo, de acuerdo a la siguiente secuencia:

1.     Al finalizar el primer semestre, y luego de haber aprobado todos los cursos, cada estudiante entregará a su Comité de Supervisión su proyecto de investigación y lo defenderá en un seminario abierto al público.

2.     La propuesta deberá haber sido desarrollada por el estudiante bajo estrecha supervisión del Director de tesis.

3.     El proyecto deberá estar conformado por lo menos por 3 paquetes de trabajo u objetivos específicos. Cada uno de estos paquetes de trabajo se constituirá en un capítulo de la tesis, y por lo tanto en un artículo que deberá ser publicado para cumplir los requisitos de graduación.

4.    La realización del proyecto deberá ser factible en los plazos establecidos, para asegurar que la defensa de la tesis doctoral se pueda efectuar en un plazo mínimo de 3 años y máximo de 6 años a contarse desde el inicio del programa.

5.     El Comité de Supervisión informará al Comité Doctoral su decisión y de ser positiva el Comité Doctoral aprobará la tesis doctoral y el inicio de la investigación.

6.     Si el proyecto no es aceptado, el estudiante tendrá una segunda oportunidad para presentarlo antes de la finalización del segundo semestre. Si en esta segunda oportunidad el proyecto no es aceptado el estudiante no podrá continuar en el programa de Doctorado.

7.   Una vez aceptado el proyecto de investigación por parte del Comité Doctoral, el Comité de Supervisión elaborará el plan de formación individual del estudiante. Este constará de las actividades prácticas y de investigación tendientes a la culminación de la tesis doctoral y a la defensa de su tesis, las cuales se constituyen en los requisitos de graduación. Algunas actividades son obligatorias y otras opcionales, como se muestra en la sección de requisito de graduación. El programa doctoral individual deberá contener un cronograma tentativo de actividades hasta la graduación del estudiante.

8.    Una vez cumplidas satisfactoriamente todas las actividades del plan de investigación y tesis individual, el alumno redactará su tesis doctoral. La tesis será el compendio de los 3 artículos obligatorios, un resumen, un capítulo introductorio y un capítulo de conclusiones finales. Dependiendo de la naturaleza de la tesis, esta podrá tener más capítulos. La tesis será revisada por el Director de tesis quien solicitará realizar las correcciones necesarias hasta obtener una tesis de alta calidad académica.