Las investigaciones doctorales se concentran en 6 áreas de los recursos hídricos: (i) hidrología, (ii) hidráulica, (iii) ecología acuática, (iv) meteorología y climatología, (v) hidroinformática y (vi) saneamiento ambiental.

Cada candidato doctoral estará afiliado a una o varias unidades académicas de las Instituciones participantes y sus tesis estarán enmarcadas en las líneas de investigación de estas unidades. Por ello, es fundamental que cada aspirante a estudiante doctoral escoja prudentemente el área y la línea de investigación en la cual desea desarrollar sus estudios, tomando en consideración que durante los próximos 4 años tendrá que dedicar su tiempo a ella. En la página de Recursos para Estudiantes se encuentra información útil que puede ayudar a los aspirantes a tomar esta decisión.