El doctorado está basado principalmente en la ejecución de una tesis de investigación. Para lograr que la tesis sea finalizada exitosamente se ha diseñado una estructura  que facilite este propósito.

Durante el primer semestre los estudiantes recibirán 5 cursos que tienen por objetivo reforzar sus conocimientos en las principales herramientas utilizadas en el amplio campo de los recursos hídricos. Estos cursos serán dictados en la Universidad de Cuenca.

Una vez aprobada esta fase, durante el segundo semestre, los estudiantes deberán presentar su plan de formación doctoral . Este es el primer gran reto que tendrán los estudiantes, pues su continuidad en el programa doctoral depende de la aprobación de este plan.

Desde el segundo semestre en adelante, los estudiantes se dirigirán a sus respectivas instituciones de acogida, ya sea la UCuenca, EPN o UTPL, donde desarrollarán sus tesis. Evidentemente esto dependerá del lugar donde se encuentre el grupo de investigación donde se ejecutarán las actividades de investigación.

Para graduarse el estudiante deberá haber cumplido los requisitos de graduación. El estudiante tendrá un acompañamiento permanente por parte de su director de tesis y su comité de supervisión quienes monitorearán y evaluarán la ejecución de la tesis.

El doctorado está organizado por varias instancias de organización académica.

Los costos del programa se encuentran indicados en el siguiente enlace.