El grupo de investigadores de esta línea de investigación es liderado por el Dr. Andrés Alvarado. El grupo cuenta con profesores titulares a tiempo completo de la Universidad de Cuenca con estudios de doctorado y maestría en ciencias en el área de tratamiento de aguas residuales e ingeniería ambiental, además de 1 estudiante de doctorado en la Universidad de Minas Gerais, Brasil. El grupo cuenta con al menos 15 publicaciones internacionales en los últimos 4 años en revistas indexadas y memorias de congresos internacionales en el área. El grupo participa al momento en 3 proyectos de investigación financiados por entidades locales, nacionales e internacionales.
Dentro de las investigaciones realizadas en tecnología de aguas residuales se destaca el proyecto de investigación: “Modelación dinámica avanzada de lagunas de tratamiento de agua residual” realizado entre 2009 y 2013 con la cooperación de la empresa ETAPA y el financiamiento de las Universidades Flamencas VLIR; y el proyecto: “Caracterización biocinética y potencial energético de microalgas de sistemas de tratamiento de aguas residuales” financiado por la Dirección de Investigación DIUC de la Universidad de Cuenca. El grupo cuenta con la colaboración estratégica de las empresas públicas ETAPA EP, CELEC EP y el Instituto INER.
El Laboratorio de Sanitaria de la Facultad de Ingeniería facilita las instalaciones para el desarrollo de los trabajos experimentales. El laboratorio ha incrementado en los últimos años su capacidad analítica en forma considerable, contando, además de los equipos y facilidades para la determinación de los parámetros más importantes de agua potable y residual, de equipamiento para determinación de constantes cinéticas de microorganismos y el estudio de microorganismos fotosintéticos presentes en varios sistemas de tratamiento lagunar.