El doctorado tiene las siguientes instancias académicas: el Comité Doctoral, la Comisión de Admisión, los Comités de Supervisión (uno para cada estudiante) y los/as Directores/as de tesis doctorales o disertación.

El Comité Doctoral es la máxima instancia de dirección del doctorado. Está conformado por un académico designado por cada IES participante.

La Comisión de Admisión de candidatos tiene por función evaluar la documentación presentada por los aspirantes a doctor y decidir sobre la admisión de los aspirantes. Está conformada por 3 miembros, uno designado por cada IES participante.

Los Comités de Supervisión tienen las tareas principales de diseñar el programa doctoral de cada estudiante, asesorar al estudiante en la ejecución de la investigación y evaluar semestralmente su desempeño. En caso de retraso y/o dificultades en la realización del programa doctoral, proporcionarán asistencia al estudiante y a su Director.

El Comité de Supervisión de cada estudiante está conformado por el Director de tesis y al menos 2 académicos adicionales, sugeridos por el Director de tesis, los cuales se desempeñan como co-Directores del estudiante. En lo posible uno de los miembros pertenecerá a una IES distinta a la del Director de tesis.

El/la Director/a de tesis es la persona que realiza la supervisión de la tesis y quien acompaña al estudiante durante todo el proceso de la investigación y en general del plan doctoral. Tiene la tarea de ser el tutor del estudiante y proporcionar asesoría frecuente. Ningún académico podrá dirigir simultáneamente a más de 4 estudiantes doctorales.

El doctorado es administrado por el Departamento de Recursos Hídricos y Ciencias Ambientales y la Facultad de Ingeniería de la Universidad de Cuenca. Estas unidades académicas se encargan de los procesos de inscripción, matrícula, graduación, titulación, y en general de llevar los expedientes académicos de los estudiantes. La coordinación de la ejecución de las tesis de investigación está a cargo del Departamento.

El consorcio de IES y en especial la Universidad de Cuenca, dotará todos los elementos necesarios para el desarrollo de las actividades y cumplimiento adecuado de las instancias de organización para lograr los objetivos del programa de doctorado.