La maestría está cimentada en la siguiente planta docente de profesores:
| Profesor/a | Detalles |
| Andrés Alvarado, PhD | Doctor en Tratamiento de Aguas Residuales por la Universidad de Ghent, Bélgica. Sus líneas de investigación son Tratamiento de Aguas Residuales y Calidad de Agua. |
| Galo Carrillo, PhD | Magister en Gestión Ambiental por la Universidad de Cuenca y estudiante doctoral en la Universidad de Marburg, Alemania. Sus líneas de investigación son Meteorología Aplicada, Evapotranspiración y Balance Energético. |
| Rolando Célleri, PhD | Doctor en Hidrología por la Universidad Católica de Lovaina (KU Leuven), Bélgica. Sus líneas de investigación son Hidrometeorología, Procesos Hidrológicos y Micrometeorología. |
| Patricio Crespo, PhD | Doctor en Recursos Naturales por la Universidad de Giessen, Alemania. Sus líneas de investigación son Hidrogeoquímica y Procesos Hidrológicos. |
| Esteban Samaniego, PhD | Doctor en Métodos Numéricos por la Universidad Politécnica de Cataluña, España. Sus líneas de investigación son Hidroinformática, Pronósticos de Caudales y Modelación Climática. |
| Luis Timbe, PhD | Doctor en Ingeniería por la Universidad Católica de Lovaina (KU Leuven), Bélgica. Sus líneas de investigación son Hidráulica Fluvial y Gestión de Riesgos de Inundación. |
| Ximena Palomeque, PhD | Doctora en Ecología Forestal por la U. Técnica de Munich. Sus líneas de investigación son Restauración de Bosques y Ecohidrología. |
| Diego Vimos, PhD | Doctor en Ingeniería del Agua y Medioambiente de la Universidad de Valencia, España. Sus líneas de investigación son Ecología fluvial y caudales ambientales. |
| Mario Córdova, PhD | Doctor en Recursos Hídricos por la Universidad de Cuenca. Sus líneas de investigación son: Meteorología de Montaña, Climatología, Eventos Extremos. |
| Adrián Sucozhañay, PhD (c) | Candidato doctoral en Recursos Naturales Renovables. Máster en ecohidrología por la Universidad de Cuenca. Principalmente interesado en procesos hidrológicos, modelacion hidrológica, sequías, manejo de recursos hídricos y desarrollo sostenible. |
Profesores extranjeros participantes:
| Profesor/a | Detalles |
| Bradford Wilcox, PhD | Profesor de la Universidad de Texas A&M, EUA. Sus líneas de investigación son Simulación de la precipitación a gran escala, Procesos de escorrentía y recarga y Ecohidrología. |